Jurnal Papeda mengadopsi konsep arsip  LOCKSS dan CLOCKSS. Serta akan dikirimkan ke pangkalan data jurnal ilmiah Indonesia (ISJD) dan Lembaga Himpunan Dosen PGSD Indonesia serta perpustakaan nasional Indonesia, Jurnal Perguruan Tinggi Muhammadiyah, onesearch, dan beberapa lembaga pengindeks jurnal.

LOCKSS

Open Journal Systems mendukung sistem LOCKSS (Lots of Copies Keep Stuff Safe) untuk memastikan arsip yang aman dan permanen untuk jurnal. LOCKSS adalah perangkat lunak sumber terbuka yang dikembangkan di Perpustakaan Universitas Stanford yang memungkinkan perpustakaan untuk melestarikan jurnal web yang dipilih dengan secara teratur polling situs web jurnal terdaftar untuk konten yang baru diterbitkan dan pengarsipannya. Setiap arsip terus divalidasi terhadap cache perpustakaan lain, dan jika konten ditemukan rusak atau hilang, cache lain atau jurnal digunakan untuk memulihkannya.